De acuerdo con su Estatuto, el Órgano de Dirección y Gestión de la Agencia de Información y Control Alimentarios es el Director.
El Órgano Consultivo y de Participación es el Consejo Asesor.
La Agencia de Información y Control Alimentarios, para desarrollar las funciones encomendadas, cuenta con las siguientes unidades que dependen del Director de la Agencia:
- La Secretaría General, a la que corresponde la ejecución de las tareas relacionadas con la gestión de recursos humanos, régimen interior, régimen jurídico, régimen económico financiero y la gestión y mantenimiento del Registro Estatal de Buenas Prácticas Mercantiles en la Contratación Alimentaria.
- La Unidad Técnica de Información de Mercados y de Inspección a la que corresponde la captura de los datos y el análisis y el procesado de sus resultados, así como la planificación y ejecución de los controles y la evaluación de sus resultados.
- La Unidad Técnica de Seguimiento de la Cadena a la que corresponde la vigilancia, evaluación y control de los contratos alimentarios y de las prácticas comerciales en la cadena alimentaria, así como la promoción de las buenas prácticas comerciales.