Las funciones de AICA se encuentran recogidas en la disposición adicional primera de la Ley 12/2013, y el artículo 3 del Estatuto de AICA.
Teniendo en cuenta las funciones de la Agencia, la actividad de AICA se centra en tres bloques principales:
- Control del cumplimiento de la Ley 12/2013, de 2 de agosto, de medidas para mejorar el funcionamiento de la cadena alimentaria. Esta función se desarrolla a través de inspecciones de oficio o a través de denuncias recibidas sobre posibles incumplimientos a la Ley.
- Control de la veracidad de los datos incorporados al sistema de información de mercados del sector oleícola y del sector vitivinícola, procedentes de las declaraciones efectuadas por los operadores del sector.
- Establecer y desarrollar el régimen de control oficial de los operadores acogidos a Denominaciones de Origen Protegidas o a Indicaciones Geográficas Protegidas, cuyos ámbitos territoriales se extiendan a más de una Comunidad Autónoma, y el de sus respectivas entidades de gestión (disposición final primera de la Ley 6/2015, que modifica la Ley 12/2013, de 2 de agosto)